--- a/configure.ac
+++ b/configure.ac
@@ -891,7 +891,7 @@ CFLAGS="$CFLAGS $LATE_CFLAGS"
 
 AC_CONFIG_AUX_DIR([src])
 
-AC_CONFIG_HEADERS([config.h:src/config.h.in])
+AC_CONFIG_HEADERS([src/config.h:src/config.h.in])
 AC_CONFIG_FILES(Makefile $LIBTOM_FILES test/Makefile)
 AC_OUTPUT